Fakulteti i Filologjisë ka një traditë dhe përvojë të konsiderueshme. Katedra e Gjuhës dhe e Letërsisë Shqipe, e themeluar në vitin akademik 1960/61 në kuadër të Fakultetit Filozofik të Prishtinës, i jep tashmë kuptim dhe domethënie vetë historisë së arsimit të lartë të Kosovës në letërsinë shqipe, në segmente tepër të dallueshme të saj. Po këtë vit, nga departamentet filologjike është hapur Katedra e Gjuhës Serbokroate dhe e Letërsisë Jugosllave. Një vit më vonë, më 1961/62, janë hapur Katedra e Gjuhës dhe e Letërsisë Angleze dhe ajo e Gjuhës dhe e Letërsisë Ruse. Krahas studimeve themelore, më 1970/71, kanë filluar studimet pasuniversitare në fushë të Gjuhësisë dhe të Letërsisë.  Në vitin 1971 është hapur Katedra e Gjuhës dhe e Letërsisë Frënge, më 1973 ajo e Orientalistikës. Me Statutin e vitit 1973 Fakulteti filloi funksionimin mbi bazën e departamenteve (u suprimuan katedrat). Në vitin 1989 u hap Departamenti i Gjuhës dhe i Letërsisë Turke. Po këtë vit, Fakulteti u pavarësua si institucion më vete me emërtimin Fakulteti i Filologjisë (deri atëherë fuksiononte nën Fakultetin Filozofik).

Pas dëbimit me dhunë nga objektet universitare, gjatë kohës së studimit në shtëpi-shkolla, pushoi së vepruari Departamenti i Gjuhës dhe i Letërsisë Ruse, për shkak të interesimit tejet të paktë për të studiuar në këtë departament. Nga ana tjetër, edhe pse në kushte të vështira, në vitin akademik 1992/93, u hap Departamenti i Gjuhës dhe i Letërsisë Gjermane.

Nga viti 1974 studimet albanologjike zhvillohen në dy departamente: Gjuhë dhe Letërsi Shqipe dhe Letërsi dhe Gjuhë Shqipe, për t’u profilizuar në vitin 2001 në Departamenti i Gjuhës shqipe dhe Departamenti i Letërsisë Shqipe.

Pas vitit 2000, u hapën edhe dy degë të reja: Departamenti i Letërsisë së Përgjithshme dhe Krahasimtare më 2001/2002 (që nuk është akredituar fare në procesin e akreditimit të vitit 2010 dhe si e tillë nuk regjistron studentë të rinj) dhe Departamenti i Gazetarisë më 2005/2006.

Në vitin 2010 Fakulteti i Filologjisë i ka akredituar të gjitha departamentet dhe programet përkatëse të tyre, përfshirë edhe studimet doktorale me sistem para Bolonjës. Në vitin 2011 është akredituar për herë të parë edhe MA profesional i përkthimit dhe i interpretimit, dhe BA Ballkanistikë (2015), me të cilat jemi në proces të vlerësimit përsëri si pjesë e partneriteteve ndërkombëtare dhe me ndryshime në strukturë të këtyre programeve, ndërkaq në proceset e fundit të akreditimit (riakreditimi 2016, 2019 dhe 2021), përpos programeve tashmë tradicionale janë akredituar edhe tri programe të reja master në anglistikë (program i integruar i gjuhësisë) dhe germanistikë (gjermanishtja për të huaj) në fushë të mësimdhënies së këtyre gjuhëve, si dhe programi i Studimeve kulturore orientale (2019-22).